Elektronisches Laborbuch

Das elektronische Laborbuch eLabFTW an der TU Clausthal

Papierchaos und Zettelwirtschaft war gestern

Im Zuge der Bemühungen um eine funktionierende Forschungsdateninfrastruktur wurde ein Baustein bereits bei der Erhebung der Daten identifiziert.

Wenn Sie Messungen durchführen, geschieht dies in den seltensten Fällen noch durch ablesen einer analogen Skala einhergehend mit einer handschriftlichen Notiz des Messwertes. Immer mehr Werte werden digital gemessen und erfasst. Ein elektronisches oder digitales Laborbuch (auch eLN, electronic Laboratory Notebook) bietet Ihnen die Möglichkeit, alle Informationen zu Ihren Experimenten an einem Ort abzulegen. Der Aufruf des Laborbuchs erfolgt über einen Internetbrowser, ist also theoretisch von überall her möglich.

Im konkreten Fall bietet Ihnen die TU eine Instanz der Open Source Software elabFTW an. Erreichbar ist diese aus dem Netz der TU unter der Adresse https://elab.rz-housing.tu-clausthal.de (und extern natürlich per VPN). Diese Software hat für die Anwendung an unserer Universität den Vorteil, dass sie von einer "white page" ausgeht, also nicht auf ein spezielles Fachgebiet zugeschnitten ist, aber jederzeit Anpassungen erlaubt.

Die Anwendung und Administration eines elektronischen Laborbuchs kann sogar zum Vorteil auf der Jobsuche werden. In einem Tagungsbeitrag bei den Thüringer FDM-Tagen 2020 schilderte der Mikrobiologe Christian Jogler, dass einer seiner Absolventen eine Jobzusage bekommen hatte, weil er durch seine Erfahrungen mit eLNs für seinen neuen Arbeitgeber die weltweite Einführung einer solchen Software übernehmen konnte.

Eine kurze Einführung in das bei uns genutzte Programm finden Sie in der offiziellen Dokumentation. Alternativ hat Dr. Lienhard Wegewitz eine kurze Anleitung für die Pilotgruppen verfasst, die Sie in der jeweils aktuellen Version über den Link in der Seitenleiste herunterladen können.
Zusätzlich befindet sich ein Transkript der Coffee Lecture "e - jetzt auch für Ihr Laborbuch!" über dieses Angebot auf den Seiten der UB.
Bei weiteren Fragen, wenden Sie sich gerne an elab@tu-clausthal.de oder melden sich bei den entsprechenden Mitarbeitern.

Es war eine willkommene Überraschung zu hören, dass eLabFTW auch eins der Systeme ist, das innerhalb der NFDI4Ing getestet wird. Im Archetypen Caden kommt die Software als eine von zwei ELN-Lösungen zum Einsatz. Die Entwicklung wird selbstverständlich von uns beobachtet.

 

https://repository.publisso.de/resource/frl:6422868

ELN-Wegweiser der ZBMed

Best-Practices und generelle Ratschläge für elektronische Laborbücher in einer PDF. (externer Link)

GitHub-Direktlinks

Wichtige GitHub-Links

Was erwartet uns in kommenden Versionen? Welche Themen diskutiert die Community? Hier geht es zu einem kleinen Überblick.

https://mediathek.hhu.de/playlist/410

Video-Tutorial

Die Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf hat eine kurze Reihe an Video-Tutorials zu eLabFTW online gestellt, die auch für unsere Installation den Einstieg erleichtern können. Die Videos sind komplett in englischer Sprache verfügbar.

https://wiki.hhu.de/display/ELB/eLabFTW+step-by-step+guide

Step-by-step-guide

Die HHU hat nicht nur Video-Tutorials, sondern in ihrem Wiki auch ein paar sehr schöne Anleitungen für die Lösung gängig auftauchender Probleme, z. B.: Was mache ich mit Nutzern, die das Team verlassen? Was sind Gruppen im Gegensatz zu Teams? Gibt es eine API?

https://www.benchling.com/2020/03/09/generating-fair-findable-accessible-interoperable-reusable-resources-with-marchantia-a-prototype-for-plant-synthetic-biology/

Wie elektronische Laborbücher zu fairer Wissenschaft beitragen können

Ein Blogpost einer Biologin, die für ihr Projekt die Software Benchling eingesetzt hat und damit die Daten des Teams FAIR zur Verfügung stellen konnte. Andere Software, aber das gleiche Ziel.

http://web.mit.edu/me-ugoffice/communication/labnotebooks.pdf

Anleitung des MIT zur korrekten Führung von Laborbüchern

Zwar ist diese Anleitung für analoge Laborbücher gedacht, aber vor allem der folgende Grundsatz gilt für ALLE Laborbücher:"A good test of your work is the following question: could someone else, with an equivalent technical background to your own, use your notebook to repeat your work, and obtain the same results? For that matter, could you come back six months later, read your notes, and make sense of them? If you can answer yes to these two questions, you are keeping a good notebook."

Zugehörige Dokumente